健康保険事業を運営するために保険料を徴収したり、保険給付を行ったりする運営主体のことを『保険者』といいます。

健康保険の保険者には、全国健康保険協会と健康保険組合の2種類があります。

全国健康保険協会は、健康保険組合に加入している組合員以外の被保険者の健康保険を管掌しています。

これを、全国健康保険協会管掌健康保険（以下、協会けんぽ）といい、全国健康保険協会が事業の運営をしています。

ただし、適用事務、保険料徴収事務は社会保険庁が行うこととされており、その出先機関である地方社会保険事務局と社会保険事務所の窓口で実際に業務を行っています。

また、任意継続被保険者に関する事務は全て全国健康保険協会が行います。

健康保険組合は、その組合員である被保険者の健康保険を管掌しています。

これを組合管掌健康保険（以下、組合）といい、単一の企業で設立する組合、同種同業の企業が合同で設立する組合などがあります。

組合を設立するためには、一定数以上の被保険者があって、かつ、組合員となる被保険者の半数以上の同意を得て規約を作り、厚生労働大臣の認可を受けることが必要です。

組合は、健康保険法で定められた保険給付（法定給付）や保健福祉事業を行うほか、一定の範囲で附加給付を行うことができるなど、自主的な事業の運営を行うことができます。

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中小企業等で働く従業員やその家族の皆様が加入されている健康保険（政府管掌健康保険）は、従来、国（社会保険庁）で運営していましたが、平成20年10月1日、新たに全国健康保険協会が設立され、協会が運営することとなりました。